通过有机肥设备生产有机肥的过程中，臭气主要产生于发酵的初阶段，由于易分解有机物质的快速降解消耗大量氧气，从而造成局部缺氧而产生小分子有机物质和硫化氢等，引发臭气。

     对此可以通过调节材料的通气性、增加通风量和添加吸附材料等方式在一定程度上抑制臭气的产生。但是，由于有机肥设备中的发酵材料数量大、臭气产生集中和场地相对封闭等原因，致使发酵场地内臭气浓度极高，所以还是必须设置臭气收集和处理装置。

     在安装有机肥设备的时候，在适合的位置装上适当规模的除臭装置，通过水洗法、化处理法、燃烧法、吸附法、空气稀释法、掩蔽法、臭氧氧化法、等离子体以及生物除臭法等方式有效的去除臭气，防止空气污染。

     目前，有机肥设备中用的较多的就是生物除臭法，就是在生物的作用下通过生物化学反应来分解、转化臭气成分，以达到除臭目的。它的优点与运转成本低、节省能源与资源和易于维护等，可以促进有机肥设备的正常运转。